当研究所は、シイタケなどの食用きのこ類を対象とした栽培、育種、加工及び利用等に関する試験研究を実施するとともに、研究成果の普及、技術指導、きのこの啓蒙活動等を行なっています。きのこに関連する基礎的なデータ、実用的な研究成果の蓄積とその活用を図り、きのこ生産技術の向上と普及を通じて、きのこの生産振興と消費拡大等を支援しています。

　１．食用きのこの育種開発

　きのこ栽培における収益性は品種、栽培環境、栽培技術の３要因によって決定されます。そこで、収量性や品質、作りやすさに加え、機能性成分の強化など付加価値の高い新品種の育成を行うとともに、品種の特性を生かした生産システムの合理化や単位収量の向上に関する技術開発に取り組んでいます。

　２．食用きのこにおける栽培技術開発

　生産者（事業体）の経営の安定化には、優れた品種の導入とともに、施設や設備、機械・器具等の近代化、栽培法や栽培技術の向上、生育環境の制御などが重要です。そこで、各種食用きのこの培養条件や発生特性等を解明し、効率的な栽培技術に寄与できる研究を推し進めています。

　３．野生きのこの栽培化研究

　野生きのこは、食用や薬用としての用途に加え、生理活性物質の探索源としてきわめて有望かつ重要な遺伝資源です。こうしたきのこ遺伝資源の利活用を進めるとともに、希少きのこ類の種多様性保全という観点から、野生きのこの人工栽培化に関する研究に取り組んでいます。

　４．きのこの栄養、機能性、保健効果に関する研究

　研究所の創設以来、きのこ類の消費拡大や人々と健康との関係を明らかにすることを目的に、きのこの栄養、味・香り、機能性、保健効果等に関する研究を継続しています。機能性成分等での品種間差異やその優位性が明らかになれば、嗜好性等の消費者ニーズを的確に捉えた商品開発、新需要創出につながると考えられます。

　５．きのこの生理・生態学的研究

　きのこ栽培の効率化等を目的に、菌糸の生育や子実体発生のメカニズム等に関する生理・生態的な基礎研究を進めています。なお、放射性セシウムのきのこ栽培への影響が大きいことから、移行低減等の動態調査を進めるとともに、風評被害の解消にも努めています。

　６．DNAによる品種識別に関する研究

　DNAは遺伝子の本体であり、遺伝情報を担う物質として生物の設計図としての役割を果たしています。DNAによる品種識別の技術開発はきのこの同定や分類、類縁関係の推定、育成者権の権利侵害事実の立証等にきわめて有効であり、その精度向上に努めています。

　７．きのこ菌株の収集と保存（きのこライブラリー）

　既存の栽培きのこの育種母本として、野生きのこの新規栽培化の遺伝資源として、また生理活性物質等の探索源としてきのこ菌株の収集を行うとともに、菌株の分離や培養、保存等に関する研究を進めています。すでに構築した菌株や子実体のライブラリーは玉川大学（菌学応用研究センター）に移管され、さまざまな分野で活用されています。

　８．きのこに関連した調査研究等の受託及び協力　

　きのこ生産の経営安定化、きのこ類の消費拡大、きのこ産業の健全な発展等に寄与する事業を中心に、生産者（事業体）や外部機関からの委託事業や調査研究等に取り組んでいます。